Η τελευταία επιθυμία που είχε ο Μίκης Θεοδωράκης, για την οποία είχε αφήσει και επιστολές, ήταν να ταφεί στον τόπο καταγωγής του, στον Γαλατά Χανίων, εκεί που βρίσκονται οι τάφοι των γονιών του και του αγαπημένου του αδερφού, Γιάννη. Σύμφωνα με όσα γράφει η εφημερίδα On Time, όμως, η κόρη του Μαργαρίτα, επιθυμεί να γίνει η ταφή του στο Βραχάτι της Κορινθίας, όπου βρίσκεται το οικογενειακό εξοχικό και η ίδια περνά τις περισσότερες ημέρες του χρόνου.
Όπως αναφέρει το δημοσίευμα, η Μαργαρίτα έχει προτείνει να μεταφερθεί οριστικά στον Γαλατά αφού αφού γίνει εκταφή, σε τρία χρόνια. Η διαφωνία αυτή δημιουργεί ένα θέμα για το πού τελικά θα ταφεί ο Μίκης Θεοδωράκης και αν θα εκπληρωθεί η τελευταία του επιθυμία.
Για το θέμα αυτό η Μαργαρίτα Θεοδωράκη μίλησε στο protothema.gr λέγοντας ότι θα κάνει όλα όσα της είχε πει να κάνει. «Θα σεβαστώ κάθε επιθυμία που μου είχε εκφράσει ο πατέρας μου σχετικά με την ταφή του, θα κάνω όλα όσα μου είχε πει να κάνω», είναι τα ακριβή λόγια της Μαργαρίτας Θεοδωράκη. Η ίδια ζητά ταυτόχρονα από όλους να της δώσουν λίγο χρόνο για να ηρεμήσει προκειμένου να καταφέρει να διαχειριστεί, αυτή και η οικογένειά της, τη μεγάλη απώλεια.
Παρ’ όλα αυτά, η κόρη του κορυφαίου Έλληνα συνθέτη απέφυγε να κάνει συγκεκριμένη αναφορά στον τόπο όπου πρόκειται να ταφεί ο πατέρας της αλλά και να σχολιάσουν τις πληροφορίες που την θέλουν να επιθυμεί η ταφή να γίνει στο Βραχάτι Κορινθίας. Φαίνεται, σύμφωνα με την ON Time, τις τελευταίες ώρες να έχει δεχτεί έντονες πιέσεις, από πολλές πλευρές, σχετικά με αυτό το θέμα.